Tanımlanamayan, gezici ve rahatsız edici karın ağrıları.
SIBO'lu hastalarda bağırsak duvarı aşırı duyarlı hale gelebilir (Visseral Hipersensitivite). Normalde hissedilmeyen gaz hareketleri veya bağırsak kasılmaları, bu hastalarda şiddetli ağrı veya rahatsızlık olarak algılanabilir.
Ayrıca, oluşan gazın bağırsak duvarlarını germesi de mekanik bir ağrıya sebep olur.